疫苗接种是羊群健康管理计划的重要组成部分。他们为经常影响绵羊和羔羊的疾病提供便宜的“保险”。
羊梭菌性疾病
在大多数农场，唯一普遍推荐的绵羊和羔羊疫苗是“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗。“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗提供针对由产气荚膜梭状芽孢杆菌C型和D型以及由破伤风梭菌引起的破伤风引起的肠毒素血症的三向保护。还有有7,8种梭菌疫苗可以预防多种的梭菌病，如黑腿病和恶性水肿，但很多预防通常是不必要的。
C型
C型肠毒素血症，也称为出血性肠炎，主要在刚出生的头几个星期内影响羔羊，导致小肠感染。C型肠毒素血症通常与消化不良有关，并且易受饲料变化的影响，例如开始喂饲料或奶水供应突然增加，极有可能导致患病。保护羔羊免于C型肠毒素的唯一方法是在怀孕晚期对其母亲进行疫苗接种。
D型
D型肠毒素血症是的症状是暴饮暴食。它也被称为“皮疹肾病”。D型肠毒素血症通常会影响一个月以上的羔羊。通常它发病规模最大，速度最快。D型暴饮暴食通常由饲料突然变化引起，导致已经存在于羔羊肠道中的细菌增殖，产生有毒物质，从而产生致命的反应。食用高浓缩饮食的羔羊最容易感染D型，但也可能发生在母羊奶水很充足的羔羊身上。
提高免疫力
通过初乳提高羔羊的自身免疫力，母羊应在羔羊出生约4周前接种“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗。母羊首次妊娠时，应在怀孕后期接种两次，间隔四周。只要羔羊消耗足够量的初乳，母羊的抗体将保护羔羊六至八周。建议一只羔羊要摄入自身体重10%的初乳。
羔羊
羔羊在约6至8周龄时应接受第一次“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗接种，然后4周后再次接种。如果有使用较多的浓缩饲料，应该给予第三次疫苗接种。有些专家建议给予阉割的羔羊多次疫苗接种。
母羊未接受C和D接种的羔羊可以在两到三天龄和两周内接种疫苗。然而，晚一点接种疫苗可能更有效。羔羊未成熟的免疫系统在这么年小的时候也可能无法应对疫苗接种。
一个更好的选择可能是在怀孕4周时给从未接种的母羊接种疫苗，然后在4周后接种抗毒剂。如果母羊发生疾病或疫苗接种失败，抗毒素可立即提供短期免疫力。
破伤风
母亲未接种破伤风疫苗的羔羊在去尾和阉割时应给予破伤风抗毒剂，特别是如果使用去势带。抗毒素立即提供短期免疫力。如果在去尾或阉割时施用破伤风类疫苗，则不能提供足够的免疫力，因为疫苗需要10天至2周才能提供免疫力，并需要增强剂才能完全免疫。公羊和宠物羊每年应该接种“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗。与母羊一样，他们首次接种疫苗需要两次疫苗接种。
其他疾病
除了梭菌病之外，养殖户可能希望接种其他疾病疫苗。使用额外的疫苗取决于羊群的健康状况，感染疾病的风险以及羊群所在地理区域的疾病流行情况。
羊口疮
羊口疮，一种通常影响绵羊和山羊的病毒性疾病。具有传染性。母羊应该在配种之前接种疫苗。显示动物应该在第一场表演之前接种疫苗。
为了接种该疫苗，需要将羊身上的一部分毛刮掉，然后用刷子或类似的施用器将和水混合的疫苗施用于皮肤上。母羊可以在耳朵内或尾部接种疫苗。羔羊可以在大腿内部接种疫苗。因为口疮疫苗是活性，而且口疮对人类具有高度的传染性，因此在使用疫苗时必须注意。处理疫苗或口疮时应戴手套。
没有感染羊口疮的羊群可能不需要接种疫苗，因为口疮疫苗会将病毒引入羊群。一旦开始了口疮疫苗接种，应该每年都要接种。
腐蹄病
腐蹄病是养殖羊业最普遍和损害最为严重的疾病之一。由于治疗成本高和感染动物发病快，会造成相当大的经济损失。
没有疫苗可以完全防止这种病，但是当疫苗与其他日常维护方法（如选择/淘汰，定期修脚，足部浸泡/洗澡等）结合使用时，疫苗可以帮助减少感染水平。在预感腐蹄病要爆发之前（即在雨季之前），应每3至6个月施用一次。
羊干酪性淋巴结炎
干酪性淋巴结炎主要影响淋巴系统，并导致淋巴结中形成脓肿。它具有高度传染性的，当它影响内脏器官时，它会演变成慢性疾病。
干酪性淋巴结炎对羊业造成的损害可能被大大低估了。干酪性淋巴结炎疫苗与“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗结合使用更好。疫苗接种将减少羊群中的患病数量，但不会阻止疾病发生。
怀孕中断
怀孕中断是指一头母羊在怀孕期间失去她的孩子，或者生下了死胎，瘦弱或畸形的羔羊。有几种疫苗可以用于防治羊的怀孕中断的几种感染原因：地方性动物病和弧菌病（弯曲杆菌）。
疫苗应在配种前进行。首次接种的母羊应在怀孕中期接受第二次接种疫苗（加药）。有这种问题的羊群的养殖户也可以考虑使用助推器。
不幸的是，没有疫苗可以用于弓形虫病，这是导致羊怀孕中断的另一个常见原因。由于致病微生物是由家猫携带的，所以最好的保护是通过阉割猫和保护饲料免收猫的污染来控制。
附睾炎
附睾炎是西方国家公羊生育率下降的主要原因。有附睾炎疫苗，但没有一种被认为是完全有效的。另外，接种疫苗会影响公羊的生育能力。
大肠杆菌
羔羊的腹泻可能是由大肠杆菌引起的。在使用“羊快疫、猝狙、肠毒血症”三联菌苗的同时可以使用一种施用于母羊的疫苗，以通过初乳增强羔羊的免疫力。接种疫苗的替代方法是在出生时给新生羔羊口服大肠杆菌抗体。
狂犬病
虽然羊感染狂犬病的风险通常很小，但是如果羊群位于狂犬病感染区域，接种是需要的。与狗频繁的接触可能是需要考虑接种疫苗的另一个原因。
还需要考虑狂犬病疫苗相对于动物价值的成本。大型动物狂犬病疫苗被批准用于羊。一些国家会要求狂犬病疫苗接种在展览会上展出。养殖场里的所有狗和猫都应该接种狂犬病疫苗。
自体疫苗
当没有商业疫苗可用时，可以制造自体或定制疫苗。它们通常由细菌或病毒制成。自体疫苗通常不如商业疫苗那样有效。
接种疫苗
大多数疫苗接种在皮下，即在皮肤下。一些疫苗也会需要肌肉注射。偶尔有一些是局部给药（例如鼻塞）。对于皮下疫苗，使用18或20号针头。皮下接种疫苗可以通过肋骨，腋下或颈部上方给予。用于从瓶中取出疫苗的针不应该用于给动物注射。
为了使疫苗接种计划取得成功，应仔细遵循说明指导。疫苗应妥善储存，保管。只有健康的羊和羊羔才可以接种疫苗。同样重要的是，要注意疫苗有局限性，疫苗所赋予的免疫力有时可能不足或被病毒所压倒。
随着小型反刍动物在养殖业和可持续农业系统中的作用越来越大，希望动物保健公司能够开发出更多的羊疫苗。科学家们目前正在开发疫苗，以保护小反刍动物免受血矛线虫和其他胃肠和吸血寄生虫的侵害。
不接种疫苗
许多养殖户会告诉你，他们从不接种疫苗，也从来没有遭受过什么疾病侵害。疫苗接种是一种风险管理的形式。每个养殖者必须权衡特定疾病接种疫苗的利弊。如果接种费用超出预期的损失，那么接种疫苗可能不是件很好的事情。相反，如果预期的损失超过接种疫苗的成本，那么接种疫苗是一个很好的止损方式。
同时，在开展疫苗接种计划之前，不要等到发生疾病爆发。疾病爆发的风险应该是用于确定疫苗接种需要的标准。